おめでとうございます!
私の相手も出生地はジャワですが、バリの宗教事務所で手続きしデンパサール領事館より婚姻届出を日本にましたよ。 仏教ですと詳しい事はよくわかりませんが、やり方的にあまり変わらないと思いますが。。。
http://www.id.emb-japan.go.jp/visaJ_6_1.html
参考までに。
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